Спустя три года :

После массового применения оружия не менее массового поражения (чакры биджу) и персональной аннигиляции селений лично Пейном (Шинра Тенсей), мироустройство начало откровенно пошаливать : мало того, что усилились и участились катаклизмы, так ещё и из мира потихоньку начала уходить чакра... Дети, способные управлять ею, постепенно становились настоящим сокровищем. Акацки занялись активным сбором этих талантов... Если, разумеется, их не опережало ополчение... Пейн понял, что разовой зачистки "этим тараканам" не хватило. "Красная луна" начала распылять по бывшим странам шиноби агентурную сеть в попытке выяснить, хотя бы то, с чем она имеет дело...

Мир :
Терпение крестьян, наконец, закончилось. Прибегнув к помощи наёмников, они огнём и мечом прошлись по некоторым особенно злачным местам, наконец избавившись от бесящего мародёрства. Земледелие начало восстанавливаться, опасность мирового голода отступила. Под охраной наёмников отправились первые торговые караваны. Экономика отчаянно пытается восстать из пепла.

Акацки :
План осуществлён, однако, Пейн пока не почувствовал себя истинным богом этого мира. Чего-то ему явно не хватает... Кстати, к недолгой радости победы сразу же добавилась ещё одна - откопался Хидан. Его голову, кипящую от жажды мести, почистили, пришили к новому телу и снова поставили в строй. Его было приставили к Кисаме, но акул уже в третий раз наткнулся на Майто Гая и погиб в честном бою... Вернее, его добил Суйгецу, наконец осуществивший свою мечту - обладание Самехадой. Кстати о зелёном звере Конохи...

Драконий Погост :
Выждав нужное время после битвы Наруто и Пейна, Майто Гай со своей командой в кои-то веки решил не лезть на рожон, попытавшись спасти тех, кто смог выжить после первого "Шинра Тенсей"... Выжило немного... От "двенадцати героев" Конохи осталась от силы половина...Однако, почти всех найденных дотащили до убежища. Цунаде, после небольшой передышки, отправилась на Мебокузан. О дальнейшей её судьбе пока ничего не известно, а обучение медиков взяла на себя Сакура. Командование на себя принял Шикамару. Неджи начал управлять делами разведки. Гай возглавил боевые отряды, но получил слишком тяжёлые раны в третьем бою с Хошикаге Кисаме , после чего скончался. На его место встал Ли. Вернее, Тен-тен, которая начала управлять делами боевых отрядов. Ли же поулчил место заместителя и мальчика на побегушках, как Ино и Киба.